A primeira referência à Unidade aparece em 1642. Designava-se então como Terço Velho de Entre Douro e Minho, tendo sido criado logo após a Restauração, quando houve a premente necessidade de dotar o Reino com as forças militares necessárias para defender a sua Independência. Tomou parte em diversas ações da Guerra da Restauração, mormente nos sítios a Monção. Finda esta guerra e nas várias reorganizações militares que se lhe seguiram, em 24 de Novembro de 1707, foi transformado em Regimento de Infantaria de Monção que, em 1762, deu origem aos 1º e 2º Regimentos daquela Vila. Em 10 de Maio de 1793 retorna à sua anterior designação de Regimento de Infantaria de Monção e, mais tarde, no ano de 1792, foi transferido para Viana da Foz de Lima (Viana do Castelo), passando então a designar-se por Regimento de Infantaria de Viana. Em vésperas da 1ª Invasão Francesa, esta Unidade tomou a designação de Regimento de Infantaria Nº 9 pela reorganização de 6 de Maio de 1806, então acontecida, pela qual se numeraram todos os corpos militares existentes no Reino. Após a sua participação nas Guerras Peninsular e Civil, esteve transitoriamente em Guimarães, Braga e Bragança, sendo em Agosto de 1839 transferido definitivamente para Lamego. Em 6 de Setembro desse ano, entrou na cidade e ficou aquartelado no Convento de Santa Cruz que pertencera aos Cónegos Seculares de S. João Evangelista.

Como factos relevantes da sua acção, salientam-se a Batalha do Buçaco, o 3º Sítio de Badajoz e a Batalha da Vitória. Por este último feito de armas, passou a usar a legenda «E JULGAREIS QUAL É MAIS EXCELENTE, SE SER DO MUNDO REI, SE DE TAL GENTE», acrescida mais tarde com as palavras BUÇACO 1810, BADAJOZ 1812, VITÓRIA 1813, por ordem de Sua Alteza Real o Príncipe Regente, futuro Rei D. João VI. Participou em muitos combates durante a Guerra Civil em que cobriu de glória e, mais tarde, noutros conflitos em que a Nação se viu envolvida, entre os quais se salienta a Divisão Auxiliar à Espanha e a 1ª Grande Guerra, nos campos de Flandres.

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O Centro de Instrução de Operações Especiais, herdeiro das tradições históricas do Regimento de Infantaria nº9 (1839-1960) foi criado a 16 de abril de 1960 (Decreto-Lei nº42926) para garantir a formação de unidades vocacionadas para a Contra-Guerrilha, Operações Psicológicas e Montanhismo.

Iniciando a formação através de cursos e estágios de Caçadores Especiais, e estágios de Contra-Insurreição, foi ministrada instrução de Contra-Subversão, ContraGuerrilha, Operações de Emboscada, Golpe de Mão, Cerco e Limpeza, Ação Psicológica e Assuntos Civis. Antes dos primeiros actos de sublevação em Angola, são mobilizadas no BC 5 as primeiras unidades de Caçadores Especiais (ccaçesp 60, 61 e 62) que terminam a instrução no CIOE e embarcam a 10jun60 para o Teatro de Operações de Angola.

Os Cursos de Operações Especiais iniciaram-se em 1963 para garantir a formação de sub-unidades nas áreas da Contra-Subversão e Contra-Guerrilha, garantindo-se simultaneamente a elaboração de doutrina e a atualização das técnicas nestas áreas.
Durante 15 anos, cumpriu cabalmente a missão que lhe tinha sido determinada, salientando-se pelo alto valor demonstrado na formação de quadros e de algumas subunidades combatentes (Caçadores Especiais e Companhias de Comandos), que em África, na Guerra do Ultramar e nos Teatros de Operações de Angola, Moçambique e Guiné, de 1961 a 1974, deram provas inequívocas do heroísmo e demonstraram possuir alta noção do seu dever, cobrindo-se de glória em muitas das ações da sua empenhada atividade operacional. A sua divisa passou a ser “QVE OS MVITOS, POR SER POVCOS, NAM TEMAMOS”, um verso Camoniano mais ajustado à realidade presente e que veio fazer jus ao valor da Unidade, demonstrado durante a Guerra do Ultramar. Pela sua ação neste período, a Unidade mereceu a legenda ANGOLA, MOÇAMBIQUE E GUINÉ, 1961-1974.

Dotado de Oficiais qualificados nas mais importantes escolas estrangeiras desta especialidade, ao CIOE foi cometida a missão de instruir os quadros do Exército nas várias modalidades de “Operações Especiais”, realizar estágios de subunidades, tendo em vista aperfeiçoar a sua atuação numa ou mais modalidades destas operações; e levar a efeito estudos que, de qualquer modo, contribuíssem para melhorar a eficiência das Forças Armadas, no que diz respeito à sua atuação em «operações especiais», designadamente nas de maior interesse para a defesa do território nacional. Iniciando a formação através de cursos e estágios de Caçadores Especiais e estágios de Contra-Inssurreição, foi ministrada instrução de Contra-Subversão, Contra-Guerrilha, Operações de Emboscada, Golpe de Mão, Cerco e Limpeza, Acão Psicológica e Assuntos Civis.

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Em 9 de Agosto de 1975, o CIOE foi transformado na Escola de Formação de Sargentos. Neste período, a missão prioritária foi ministrar a primeira parte dos Cursos de Formação de Sargentos, cujo primeiro teve início em 7 de Fevereiro de 1977. Até Agosto de 1981, a Unidade formou mais de mil Sargentos para as diversas Armas e Serviços do Exército, continuando, porém, e em simultâneo, a ministrar os Cursos de Operações Especiais a Oficiais e Sargentos dos Quadros Permanente e de Complemento.

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Em 1 de Fevereiro de 1981, por despacho do General Chefe do Estado-Maior do Exército, voltou esta Unidade à sua anterior designação de Centro de Instrução de Operações Especiais, recebendo nova missão, similar à estabelecida pelo Decreto-Lei nº42926 de 15 de Abril de 1960. Contudo, é o Despacho nº 37/88 de 26 de Abril do Chefe do Estado-Maior do Exército, General Mário Firmino Miguel, que melhor a concretiza, estabelecendo definitivamente conceitos e definindo com exatidão as missões da Unidade. Este despacho determina as ações a desenvolver na área das Operações Não Convencionais, instruindo quadros e tropas de Operações Especiais para atuarem com um elevado grau de independência e cumprirem missões de grande dificuldade e risco, ministrar o Curso de Operações Irregulares a todos os Oficiais e Sargentos do quadro permanente do Exército e extensível aos outros ramos das Forças Armadas. Conforme superiormente aprovado passa a integrar encargo operacional da NATO e a defesa do território nacional, desenvolvendo em simultâneo doutrina na área das novas ameaças (como o terrorismo).

Na última metade do século XX a atividade desta Unidade foi notória, destacando-se a sua extraordinária ação na Guerra do Ultramar, a sua preponderante ação no Movimento das Forças Armadas e a sua decisiva atuação para a estabilização da democracia, a participação em exercícios combinados e conjuntos no Teatro de Operações Europeu e, neste âmbito, o exercício do Comando da Componente de Operações Especiais, nas quais participaram Forças de diferentes países; o empenhamento em operações de evacuação de cidadãos nacionais e de apoio à paz, realizadas na Guiné, Senegal, Cabo Verde, República do Congo, São Tomé, Bósnia-Herzegovina, Kosovo e Timor-Leste.

Em 01 de Julho de 2006, em virtude do processo de transformação do Exército que se encontra materializado no Decreto Lei N.º 61/2006, de 21 de Março e por despacho N.º 12 555/2006 de 24 de Maio de 2006, do Ministro da Defesa Nacional, o Centro de Instrução de Operações Especiais passou a designar-se por Centro de Tropas de Operações Especiais (CTOE) e a integrar a Brigada de Reacção Rápida (BrigRR) de quem depende, continuando a ter a responsabilidade pela formação de militares na área dasOoperações Não Convencionais e a aprontar Forças de Operações Especiais.